Transplantace střeva je indikována u dětí s ireverzibilním střevním selháním při komplikacích dlouhodobé parenterální výživy (IFALD, ztráta žilních přístupů, recidivující sepse). Příčiny zahrnují syndrom krátkého střeva, poruchy motility a kongenitální enteropatie. Multiorgánové transplantace (játra + střevo, multiviscerální) jsou nejkomplexnějšími výkony v dětské transplantologii.