Epilepsie vyvolané strukturálními lézemi mozku viditelnými na zobrazovacích metodách. Fokální kortikální dysplazie jsou nejčastější příčinou farmakorezistentní epilepsie u dětí operovaných epileptochirurgicky. Dále sem patří hypothalamické hamartomy s gelastickými záchvaty, tuberózní skleróza s mnohočetnými tubers, hemimegalencefalie a nízce maligní epileptogenní nádory (DNET, gangliogliom).